Sekretariati i KGJK-së ndihmon Këshillin në zbatimin e rregulloreve dhe politikave lidhur me menaxhimin, buxhetin dhe administrimin e gjykatave.
Sipas udhëzimeve të Këshillit dhe të Komisionit të tij për Buxhet, Financa dhe Personel, Sekretariati menaxhon me personelin administrativ dhe mbështetës të gjyqësorit, përfshirë këtu alokimin e personelit administrativ dhe mbështetës në gjykata bazuar në ngarkesën me punë, mirëmbajtjen e regjistrave të personelit, themelimin e sistemit të vlerësimit të performancës, sigurimin e disiplinimit të duhur të punonjësve të gjykatës si dhe mbrojtjen e të drejtave të tyre të punësimit.
Nën përgjegjësinë e drejtorit, Sekretariati i Këshillit Gjyqësor i Kosovës, këshillon dhe ndihmon Këshillin Gjyqësor të Kosovës në kryerjen e detyrave e përgjegjësive të tij, në menaxhimin e gjyqësorit dhe të gjykatave dhe është përgjegjës për zbatimin e vendimeve të tij, si dhe është përgjegjës për të gjitha funksionet administrative dhe të hulumtimit që ndërlidhen me përkrahjen e Këshillit, në pajtim me Rregulloren e punës së Këshillit.
Sekretariati i Këshillit Gjyqësor të Kosovës përbëhet nga nëpunësit civil të cilët përbëjnë administratën qendrore të sistemit gjyqësor të Kosovës, dhe është i ndërtuar mbi bazën e dy shtyllave: Shërbimi i Administratës së Përgjithshme dhe Shërbimi për Çështje Ligjore dhe Zhvillim të Politikave. Në krye të SKGJK-së është drejtori i Sekretariatit.
Sekretariati i ka këto njësi të brendshme organizative:
Zyra e Drejtorit të Sekretariatit të KGJK-së
– Zyra për Përkthim dhe Mbështetjen e KGJK-së
– Zyra për Prokurim
Shërbimi i Administratës së Përgjithshme
– Njësia për Administratë dhe Personel
– Njësia për Buxhet dhe Financa
– Njësia për Shërbime të Përbashkëta
– Njësia për Teknologji Informative dhe Komunikim, dhe
– Njësia për Auditim të Brendshëm
Shërbimi për Çështje Ligjore dhe Zhvillim të Politikave
– Njësia për Çështje Ligjore, Analiza dhe Hulumtime,
– Njësia për Statistika,
– Njësia për Evidencë Penale dhe
– Njësia për Vlerësim dhe Verifikim.