Sekretariati i KGJK-së ndihmon Këshillin në zbatimin e rregulloreve dhe politikave lidhur me menaxhimin, buxhetin dhe administrimin e gjykatave.

Sipas udhëzimeve të Këshillit dhe të Komisionit të tij për Buxhet, Financa dhe Personel, Sekretariati menaxhon me personelin administrativ dhe mbështetës të gjyqësorit, përfshirë këtu alokimin e personelit administrativ dhe mbështetës në gjykata bazuar në ngarkesën me punë, mirëmbajtjen e regjistrave të personelit, themelimin e sistemit të vlerësimit të performancës, sigurimin e disiplinimit të duhur të punonjësve të gjykatës si dhe mbrojtjen e të drejtave të tyre të punësimit.

Nën përgjegjësinë e drejtorit, Sekretariati i Këshillit Gjyqësor i Kosovës, këshillon dhe ndihmon Këshillin Gjyqësor të Kosovës në kryerjen e detyrave e përgjegjësive të tij, në menaxhimin e gjyqësorit dhe të gjykatave dhe është përgjegjës për zbatimin e vendimeve të tij, si dhe është përgjegjës për të gjitha funksionet administrative dhe të hulumtimit që ndërlidhen me përkrahjen e Këshillit, në pajtim me Rregulloren e punës së Këshillit.

Sekretariati i Këshillit Gjyqësor të Kosovës përbëhet nga nëpunësit civil të cilët përbëjnë administratën qendrore të sistemit gjyqësor të Kosovës, dhe është i ndërtuar mbi bazën e dy shtyllave: Shërbimi i Administratës së Përgjithshme dhe Shërbimi për Çështje Ligjore dhe Zhvillim të Politikave. Në krye të SKGJK-së është drejtori i Sekretariatit.

Sekretariati i ka këto njësi të brendshme organizative:

Zyra e Drejtorit të Sekretariatit të KGJK-së

– Zyra për Përkthim dhe Mbështetjen e KGJK-së

– Zyra për Prokurim

Shërbimi i Administratës së Përgjithshme

– Njësia për Administratë dhe Personel

– Njësia për Buxhet dhe Financa

– Njësia për Shërbime të Përbashkëta

– Njësia për Teknologji Informative dhe Komunikim, dhe

– Njësia për Auditim të Brendshëm

Shërbimi për Çështje Ligjore dhe Zhvillim të Politikave

– Njësia për Çështje Ligjore, Analiza dhe Hulumtime,

– Njësia për Statistika,

– Njësia për Evidencë Penale dhe

– Njësia për Vlerësim dhe Verifikim.